Chương trình khuyến công quốc gia giai đoạn 2021 – 2025 có mục tiêu: Huy động và sử dụng có hiệu quả mọi nguồn lực, tạo động lực mới thúc đẩy phát triển sản xuất công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp, góp phần xây dựng nông thôn mới và chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng công nghiệp hoá, hiện đại hóa; khuyến khích chuyển giao, ứng dụng khoa học công nghệ, sản xuất sạch hơn nhằm nâng cao hiệu quả sử dụng tài nguyên, thiên nhiên, nguyên liệu, nhiên liệu, vật liệu, bảo vệ môi trường và sức khỏe con người, hướng đến mục tiêu tăng trưởng xanh, phát triển bền vững; thúc đẩy hoạt động kết nối giao thương các sản phẩm CNNT và hình thành các sản phẩm, nhóm sản phẩm có sức cạnh tranh cao, đáp ứng nhu cầu thị trường, đặc biệt là thị trường xuất khẩu; tăng tỷ trọng chế biến sâu, chế biến tinh trong các sản phẩm công nghiệp chế biến nông lâm thủy sản, gia tăng giá trị và nâng hàm lượng công nghệ cao trong các sản phẩm công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp.

Chương trình cũng đặt mục tiêu tạo điều kiện cho các cơ sở CNNT thuận lợi trong tiếp cận các cơ hội phát triển kinh tế số, nâng cao năng suất chất lượng, năng lực cạnh tranh và thực hiện có hiệu quả lộ trình hội nhập kinh tế quốc tế. Các địa phương thực hiện được các đề án khuyến công quốc gia điểm có tác động lan tỏa, hỗ trợ sản xuất các sản phẩm có tiềm năng, lợi thế cạnh tranh của quốc gia, vùng, địa phương.

Theo đó, chương trình tập trung phát triển hoạt động khuyến công theo những nội dung chính sau đây:
1. Hỗ trợ xây dựng mô hình trình diễn kỹ thuật, chuyển giao công nghệ và ứng dụng máy móc tiên tiến, tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp, xây dựng mô hình thí điểm về áp dụng sản xuất sạch hơn, xây dựng hệ thống xử lý ô nhiễm môi trường cho cơ sở công nghiệp nông thôn;
2. Hỗ trợ phát triển sản phẩm công nghiệp nông thôn;
3. Hỗ trợ liên doanh, liên kết, tham gia cụm liên kết ngành, chuỗi giá trị, hợp tác đầu tư phát triển các cụm công nghiệp;
4. Hỗ trợ phát triển nguồn nhân lực có chất lượng, nâng cao năng lực quản lý, tư vấn, trợ giúp các cơ sở công nghiệp nông thôn;
5. Hỗ trợ tư vấn thông tin phát triển công nghiệp nông thôn, công tác truyền thông;
6. Nâng cao năng lực tổ chức thực hiện các hoạt động khuyến công.